Die einfachste Methode der Sicherung wird mit mysqldump ausgeführt. Dieses Programm ist im Lieferumfang von MySQL enthalten. Zur Sicherung wird die Datenbank offline gesetzt und dann auf ein anderes Speichermedium kopiert.

Als weitere Sicherungsmethode steht mit mysqlhotcopy zur Verfügung. Die Datenbank kann auch während des Kopiervorgangs online bleiben. Zwar können keine Einträge hinzugefügt oder verändert werden, aber der Lesezugriff besteht weiterhin.

Sollen die Datenbanken auch während der Sicherung mit vollem Zugriff verfügbar sein, dann kommt MySQL-Replication in Betracht. Vom Aufbau wird ein primärer Server benötigt, auf dem sich die Original-Datenbank befindet, außerdem noch sekundäre Server, auf denen eine Replikation erstellt wurde. Wenn in zeitlichen Abständen die Sicherung durchgeführt wird, so vom primären auf den sekundären Server. Sollte der Zugriff auf den primären Server nicht möglich sein, findet eine Umleitung auf einen sekundären Server statt. So sind die Daten jederzeit verfügbar und veränderbar.

Bei großen Mengen an eingesetzten Datenbanken kann der Administrator leicht den Überblick verlieren. Tools wie Zmanda Recovery Manager (ZMR) for MySQL vereinfachen die Verwaltung von Backup-Aufgaben, wobei alle gängigen Methoden unterstützt werden. ZMR stellt eine grafische Oberfläche zur Konfiguration und Verwaltung der einzelnen Sicherungen, die auch mit Hilfe von Zeitplänen automatisiert werden können.

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